Le conseil d'administration

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	Le conseil règle les affaires générales de l'agence de l'eau. Il prépare les programmes d'intervention pluriannuels, délibère sur l'assiette et le taux des redevances (soumis au comité de bassin pour avis conforme), l'attribution d'aides financières aux personnes publiques et privées pour les travaux pour l'eau d'intérêt commun, la contribution de l'agence de l'eau aux études et recherches, le budget, l'organisation générale... et toute question qui pourrait lui être soumise par le ministre de l'écologie et du développement durable ou le directeur.
	Les trente-quatre administrateurs sont élus ou nommés pour six ans. Le président est nommé par le ministre de l'écologie et du développement durable. Le mandat du bureau est de trois ans. Le président, les deux vice-présidents et les présidents des commissions des aides et des programmes forment le bureau. Les vice-présidents sont élus dans chacune des deux catégories d'administrateurs représentant les collectivités et les usagers. La liste des membres du conseil, publiée au Journal Officiel, fait l'objet d'un arrêté du ministre de l'écologie et du développement durable.
	Le président et les vice-présidents du comité de bassin, le directeur de l'agence de l'eau, le commissaire du gouvernement (qui représente le ministère de l'écologie et du développement durable), le contrôleur financier et l'agent comptable participent aux travaux du conseil avec voix consultative. Le directeur de l'agence de l'eau en assure le secrétariat et peut se faire assister de toute personne de son choix.
	Le conseil se réunit quatre fois par an sur convocation de son président. Une réunion annuelle se tient dans le bassin à l'extérieur de l'agence de l'eau. Ses délibérations sont exécutoires sauf si le ministre de l'écologie et du développement durable s'y oppose dans le mois qui suit. Les délibérations à caractère financier sont soumises à l'approbation des tutelles administratives (environnement et budget). Les séances ne sont pas publiques. Les fonctions d'administrateurs sont gratuites.
	Le directeur de l'agence de l'eau est nommé par le ministre de l'écologie et du développement durable. C'est généralement un fonctionnaire. Il dirige les services de l'agence de l'eau et gère le personnel. Ce dernier est composé pour la grande part d'agents contractuels de l'Etat. Le directeur prépare les réunions du conseil d'administration et applique ses décisions. Il représente l'agence de l'eau dans les actes de la vie civile et judiciaire. Il prépare et exécute le budget. Il attribue des aides dans le cadre de la délégation accordée par le conseil. Il ordonne les recettes (liquidation des redevances) et les dépenses (conventions d'aides, en particulier) mais c'est l'agent comptable de l'agence de l'eau qui les mandate.
	Pour l'étude de certains dossiers, le conseil a créé des commissions de travail dont il a fixé les attributions et la composition et qui sont présidées par un administrateur.